Uhitile su ga tadašnje komunističke jugoslavenske vlasti, a zatim su pokrenule protiv njega montirani sudski proces. Alojzije Stepinac uhićen je oko 5 sati i 30 minuta ujutro na području Nadbiskupskog dvora na Kaptolu, u vrijeme kad se pripremao slaviti svetu misu.
Montirani sudski proces protiv Stepinca pokrenut je 30. rujna iste godine, 12 dana nakon uhićenja. Dana 3. listopada Stepinac je na sudu održao znameniti govor. Već 11. listopada donesena je presuda, po kojoj je osuđen na čak 16 godina zatvora zbog suradnje sa ustaškim režimom. Osam dana nakon donošenja presude zatočili su ga u zatvoru u Lepoglavi, piše na portalu povijest.hr.
U Lepoglavi je Alojzije Stepinac proveo više od pet godina (sve do 1951.), a zatim je premješten u kućni pritvor u rodnom Krašiću. Godine 1953. papa Pio XII. Stepinca je uvrstio u Kardinalski zbor.
Alojzije kard. Stepinac umro je u Krašiću 10. veljače 1960., 13 i pol godina nakon uhićenja. Godine 1981. u Rimu je službeno otpočeo kanonski postupak za njegovo proglašenje blaženim i svetim. U listopadu 1998. u hrvatskome nacionalnom svetištu Majke Božje Bistričke papa Ivan Pavao II. proglasio je Stepinca blaženikom.
