Kao područje koje obiluje ljekovitim izvorima vode i rudnim bogatstvom, još u desetom vijeku Fojnica je bila izuzetno poželjno mjesto za stanovanje, a naseljavali su je Dubrovčani i Sasi koji su se bavili iskopavanjem rude, koju su kasnije nosili u svoje krajeve. Kako su radnici poticali uglavnom iz katoličkih zemalja, oni su zamolili crkvene vlasti da u Fojnicu dovedu katoličke svećtenike. Prvi svećenici bili su dubrovčani, potom dominikanci koji su se takođe zadržali vrlo kratko, da bi tek početkom 14. vijeka Fojnicu trajno naselili franjevci, koji su nekoliko desetljeća kasnije na brdu Križ izgradili crkvu i samostan koji danas predstavljaju značajno kulturno-povijesno blago BiH.
Sadašnji izgled samostana datira iz 19. vijeka, a od svog nastanka pa do danas, rušen je i obnavljan nekoliko puta. Ratovi, ali i godine učinili su svoje, pa je tako zbog dotrajalosti zgrade, 2000-te godine morao biti srušen stari dio samostana gdje su se nalazili muzej i biblioteka. Nakon rušenja, uslijedila je obnova koja je trajala punih četrnaest godina uz financijku podršku Vlade FBiH, Turske i Vlade Republike Hrvatske, koja je bila najveći pojedinačni donator izdvojivši 2 miliona kuna.
Uprkos brojnim nedaćama koje su kroz istoriju zadesile ovaj samostan, danas se u njegovom muzeju pažljivo čuvaju eksponati koje su kroz vijekove prikupljali fratri uz pomoć lokalnog stanovništva, kao i izuzetno vrijedni dokumenti i knjige.
Jedan od najvažnijih dokumenata koji se čuva u samostanskom muzeju je Ahdnama iz 1463. godine kojim je sultan Mehmed II El-Fatih na molbu fra Anđela Zvizdovića, dozvolio franjevcima slobodno kretanje po Bosni i djelovanje među narodom. Nakon pismenog odobrenja da franjevci ostanu u Bosni, dogovoren je susret sultana i fra Anđela, a kao znak poštovanja i prijateljstva sultan je ogrnuo fra Anđela svilenim plaštom koji se i danas čuva u Muzeju. Pored svilenog plašta , među posebno vrijedne predmete ubrajaju se i crkveno posuđe, amfore, predmeti koje su izrađivali fojnički zlatari i datiraju iz 15. i 16. vijeka, nakit iz osmanskog perioda, različito srednjovjekovno oružje, te crkvena zvona iz otomanskog perioda.
Brojne posjetioce i zaljubljenike u umjetnost posebno oduševljava samostanska galerija, koja se nalazi na poslednjem spratu zgrade i baštini izuzetno bogatu kolekciju umjetničkih slika, među kojima je i najstarija slika u Bosni i Hercegovini koja još uvijek nije izložena jer se čeka adekvatna zaštita. Rađena je tehnikom tempere na dasci i potiče iz 1328. godine.
Da je samostan u Fojnici istinski čuvar kulturno-povijesnog blaga BiH, pored svega navedenog, svjedoči i činjenica da u svom posjedu ima izuzetno bogatu biblioteku, u kojoj se pažljivo čuva više od 50 000 knjiga, među kojima je 13 inkunabula. Većina naslova nastala je u periodu od 1850. godine do danas, ali tu su i naslovi nastali do 1850. godine.
Cjelokupno blago koje baštini samostanski muzej je od neprocjenjive vrijednosti, pa tako s pravom nosi titulu jednog od najbolje uređenih muzeja u BiH, a kao takav iz godine u godinu privlači veliki broj turista kako iz BiH, tako i inozemstva.
Za slijepe i slabovidne osobe pripremljen je vodič na Brajevom pismu, kako bi i oni na svoj način mogli doživjeti draž muzeja, a nedavno je uređena i suvenirnica u kojoj posjetioci mogu kupiti unikatne predmete koje ručno izrađuju članovi različitih fojničkih udruženja, ali i domaće vino, rakiju, likere i meleme.
Nakon uzbudljive šetnje kroz vijekove, degustacije domaćih proizvoda, ostaje vam da posjetu jednom od najstarijih zdanja Bosne i Hercegovine završite uživanjem u prelijepom pogledu na Fojnicu koji se pruža sa platoa samostana.
