Sutradan nakon kanonizacije 1228. god. papa Grgur IX. blagoslovio je temeljni kamen. Već je 1230. godine preneseno tijelo sv. Franje u novu crkvu. Crkvu je posvetio papa Inocent IV. 25. svibnja 1253. god. To je čudesno lijepa crkva koju je oslikao Giotto prikazavši različite zgode iz života sv. Franje. Papa Benedikt XIV. dao je crkvi naslov "Patrijarhalne bazilike" i "Papinske kapele". Ova bazilika s grobom sv. Franje neprestano privlači mase svijeta: svečevih, ali i ljubitelja umjetnosti.